纳和阿泰之间有爱情，但如果说他们之间的关系只是爱情，就俗了。他们之间的关系，是比爱情更深刻的感情。

小纳和阿泰生活在同一个小村子里，都是十几岁的少年。他们都是苦命的孩子，没什么人疼爱。小纳更惨一些，因为性格有点软弱，又长得白白嫩嫩的，总被同村的孩子叫作同性恋，谁也不跟他玩。阿泰呢，只要他肯跟同村的孩子们一起打闹并且欺负小纳，大家就会接受他。

小纳和阿泰的故事开始于一次放风筝。阿泰不知从哪儿弄了个风筝，想把它放起来。小纳求阿泰带自己玩，阿泰不答应。阿泰一个人折腾了许久也没能把风筝放起来，其他孩子又不在身边，于是阿泰让小纳帮忙，两个人一起终于把风筝放上了天。

这是两个人第一次交集。然而，不久其他孩子就怀疑阿泰和小纳是朋友，嘲笑他们是同性恋，阿泰为了自保，急忙澄清小纳不是自己的朋友。孩子们让阿泰打小纳，阿泰照做了。

后来，小纳又求阿泰和自己玩。是的，小纳实在是没有朋友，而阿泰是唯一一个愿意搭理他的孩子。虽然阿泰也会打他，但小纳知道，阿泰那是迫不得已。阿泰的本性和其他孩子是不一样的。这一次，阿泰让小纳去老师的办公室，把工业酒精倒进老师的酒瓶里。这个老师不是什么好人，阿泰想报复他一下。小纳很害怕，但为了让阿泰做自己的朋友，他答应了。

可惜，小纳被突然返回的老师发现了。这个老师是个恋童癖，他让小纳把门窗关上，逼小纳给自己口交。被欺负之前，小纳非常恐慌，望向窗外，但找不到阿泰的身影。被欺负后，小纳匆匆地往回走，遇到等着自己的阿泰，头一次没有主动和他打招呼。阿泰问小纳，要不要和自己一起玩。小纳停住脚步，转过头，露出了开心的笑容。此时小纳的心情是苦涩还是开心呢？付出这么大的代价，但对他来说，结果还是值得的吧。

阿泰和小纳开始偷偷摸摸地在一起玩，但还是被其他孩子发现了。这一次他们做得更过分，他们扒了小纳的裤子，用玩具戳小纳的屁股。阿泰拒绝和他们一起欺负小纳，但起初并不敢帮助小纳，直到看到这一幕才开始真正地站在小纳这边，和其他孩子打了起来。这是阿泰第一次保护小纳。

小纳和阿泰有个秘密基地——一个废弃房屋的屋顶上。在这里可以看见很美的风景，而且没有人打扰。这天，阿泰想喝酒，小纳就偷了爸爸的酒给阿泰喝。结果，当天晚上小纳因为偷酒被爸爸毒打，阿泰听到小纳的惨叫声，偷偷地过来查看，打开门后他被眼前的景象惊呆了：小纳的爸爸正在强奸小纳。震惊过后，阿泰拿了东西打了小纳爸爸的头，拉着小纳一起逃了出来。

小纳一直哭一直哭。阿泰让小纳躲在一个地方，自己出去把小纳的爸爸引开。夜很黑，两个孩子都很害怕。小纳的爸爸拿了把刀，疯狂地找他们。刀掉落在离小纳不远的地方，小纳突然不哭了，悲痛转为愤怒，他拿起刀，疯狂地砍向爸爸，把爸爸砍倒在地。阿泰目睹了这一幕，非常害怕，跑开了。小纳找到阿泰，浑身颤抖，阿泰知道小纳不会伤害自己，不再害怕。天亮后，他们搭车离开了村子。

在城里，他们一起流浪。城里总有小混混欺负他们。一个恋童癖老外看上了小纳，托小混混把小纳给他弄来。小混混找上阿泰，说给阿泰一笔钱，让阿泰把小纳交给他。阿泰不答应，被揍了一顿。晚上，阿泰躺在地上发抖。小纳不知道如何安慰阿泰，小心翼翼地去抱他。阿泰愤怒地推开小纳，骂他是同性恋，然后跑掉了。当天晚上，小混混把小纳装进一个红色的旅行箱，给老外送了过去。阿泰看着手里的钱，反悔了，回去救小纳，却只落得被小混混揍一顿的下场。

从此以后，阿泰和小纳再未相见——至少，阿泰是这么以为的。阿泰一直混迹于城市街头，长大后被腐败的警察老爹利用，因为杀了一个警察被关进监狱。在监狱里，阿泰继续被老爹利用，做一个杀手。阿泰有一个女朋友叫小小，小小很痴心，总是来监狱看望阿泰，盼望阿泰出狱后和她结婚。

阿泰总是反复做同一个梦，梦里有一个硕大的红色旅行箱。他对监狱里的心理医生说不知道为什么，自己总是做同一个梦。其实是他忘记了，或者没有说实话。当年把小纳装走的就是一个硕大的红色旅行箱。这个红色旅行箱也代表着阿泰的良心。其实，阿泰从未忘记过小纳。

不久，城市里发生了一连串的恶性谋杀事件，受害者尸体无一例外遭到阉割，生殖器被塞进肛门里。有的尸体被切割后装进红色旅行箱里抛尸，而政坛大人物的儿子的尸体被倒挂在他自己的广告牌前。目击者称，凶手是一个穿红色雨衣的人。警察久久不能破案，大人物愤怒，警告老爹，再抓不到凶手，倒霉的就是他了。

凶手的一些做法让阿泰不由自主地想起了小纳，他和老爹达成交易：如果阿泰抓到凶手，老爹想办法抹去他的犯罪记录，还阿泰自由。实际上，老爹另有打算，他派手下跟着阿泰，阿泰一抓到凶手就杀掉阿泰灭口。但阿泰并不知情，一心想着抓到凶手，然后和小小一起过正常人的生活。

阿泰回到小时候生活过的村落，看到自己和小纳曾经生活过的地方，回忆一幕幕闪现。电影故事是从这里开始的，用闪回的方式一幕幕再现阿泰和小纳的过往。

当阿泰终于追查到小纳的下落，知道小纳整了容、变了性，并看到小纳现在的模样时，他彻底惊呆了。没错，小纳就是小小。其实电影播放到这里，许多观众应该已经提前猜到了结果。但这并不影响电影的好看程度。

阿泰回想起小小和自己相识的过程，想起小小说过的一些话，正是小纳曾经对他说过的。阿泰还在震惊中没有缓过神来，老爹的手下已经等不及了，用枪指着阿泰，问他是不是已经知道了凶手是谁。阿泰这才明白，老爹是要杀掉自己，于是动手杀掉了老爹的手下。

与此同时，另一边，老爹一直打小小的主意，把小小弄进了警察的安全屋。在安全屋里，老爹露出本来的面目，承认自己即将杀掉阿泰，还想占有小小。小小趁机掏出老爹的手枪，打破了老爹的嘴。老爹昏死过去。小小用老爹的手枪，杀掉了安全屋里所有的警察，又把醒过来的老爹也杀了，还阉割了他。

做完这一切之后，小小用老爹的电话打给阿泰。此时无需多言，两个人都知道对方知道了真相。他们约在他们一起长大的乡村见面。

在他们小时候的秘密基地，成年的阿泰和已经变性的小纳再次相见。此时小纳的告白是整个故事最核心的地方，也提升了影片的主题。

阿泰问小纳一定要做得如果过头吗，小纳则回应阿泰，他所做的一切只是希望阿泰做个好人，小时候那个曾经站出来保护弱者的好人。

小纳的生命从很久以前就注定了与黑暗相伴，而阿泰是他生命中唯一的光。小纳希望，这束光亮永远不会失去光芒。他用最极端的手段为自己的命运复仇，也只能用最极端的方式拯救阿泰。他左右不了最终的结局，但他别无选择。

警察来了，小纳让阿泰杀了自己，在小纳的一再请求下，阿泰终于照做了。这对小纳来说，是他想要的结局。而阿泰的命运呢，也许并不会好到哪儿去，但至少这一刻，他被拯救了。

小纳和阿泰之间也许有爱情，也许没有，或者只是小纳单方面的爱情。但他们彼此的纠葛，早已超出爱情之上。那是生命与生命的拯救与被拯救的关系。